人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在持续,延续,存续,连续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的援助,协助,辅助,助力下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新起始,开端,肇始,启始了一段漫长、孤寂,寂寥,冷寂,寥寂,孤寂,寂寥,孤单而又充满惊险的宇宙旅程……　　本片为《银河铁道999》第二部剧场版动画。