八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与爸爸,父亲大人,爹爹,老父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓出现,产生,形成,酿成误会，两帮人不打不相识,明白,明了,知晓,理解,认知,懂得,结识,相知,熟识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有致谢,道谢,谢意,感恩四等人忠义，遂舍弃,抛弃,割舍,摒弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……　　本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。