市立见泷原中学，又迎来安静,宁静,沉静,恬静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和伙伴,好友,挚友,密友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论爱恋,相恋,恋情,恋慕的话题，享受少女的欢乐,愉快,欢喜,欢乐,愉快,欣喜,喜悦,欢畅,喜悦,欣喜青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学归家,返家,还家,归宅路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学子,门生,弟子,学员的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的援助,协助,辅助,助力，进而得知那只名叫丘比的生物有能够援助,协助,辅助,助力人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。