未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常日常,生存,生计,日子中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。　　少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的妈妈,母亲大人,娘亲,老妈妈被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负妈妈,母亲大人,娘亲,老妈妈的嘱托，决心,打算,计划,准备前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与妈妈,母亲大人,娘亲,老妈妈极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的援助,协助,辅助,助力，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程……　　本片为《银河铁道999》第一部剧场版动画。