四个情同手足的乌龟少年一直日常,生存,生计,日子在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类伙伴,好友,挚友,密友艾普的援助,协助,辅助,助力下，起始,开端,肇始,启始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大困扰,烦恼,烦忧,烦扰来了……